Les œufs sont pondus dans des endroits humides et ce au niveau de n'importe quelle source de matière organique en décomposition: animaux morts, excréments d'animaux, déchets domestiques, fruits et légumes pourris, gazon coupé, compost, etc. En quittant les ordures, les mouches adultes transportent des particules de déchets et des micro-organismes pouvant être nocifs pour la santé humaine. Ce transport peut se faire par le biais des poils, des soies, des épines des pattes, des ventouses ou des pièces buccales qui sont du type spongieur.

Étant donné la nature de leurs pièces buccales, les mouches domestiques ne peuvent pas ingérer des substances solides. Elles doivent au préalable dissoudre la nourriture en régurgitant un liquide sur cette dernière. Ceci constitue une autre voie de contamination car vous devez garder en tête que le contenu stomacal des mouches provient en majeure partie des ordures. Ainsi, le contenu de l'estomac sera soit régurgité sur le prochain repas, soit rejeté sous forme d'excréments et ce, souvent sur des aliments qui seront consommés ultérieurement par des humains.

Si vous possédez des pièges lumineux pour le contrôle des insectes volants attirés par lumière, assurez-vous qu'ils sont vidangés régulièrement et que les fluorescents ont été changé après un an d'usage.

Si vous possédez des pièges à phéromones pour les drosophiles, assurez-vous que ceux-ci soient en bon état et que l'appât (l'appât liquide contenant la phéromone (muscalure) ne se soit pas évaporé.

Les drains des éviers doivent être nettoyés une fois par semaine et désinfectés régulièrement.

Les drains de planchers où il peut y avoir des accumulations de nourriture doivent être brossés et désinfectés au moins une fois par semaine.
Évitez les accumulations sur les planchers et accordez une attention particulière aux endroits moins accessibles (sous l'équipement sous les comptoirs, sous les éviers, etc.)

Nettoyez régulièrement les murs où se logent parfois des dépôts alimentaires.

Les serviettes mouillées et les linges souillés doivent pouvoir sécher rapidement ou être isolés dans un séchoir, un sac de polyéthylène ou être conservés dans un contenant hermétiquement fermé.

Les vadrouilles, moppes et tout l'équipement servant à l'entretien ménager doivent être suspendus (aucun contact avec le plancher) de façon à pouvoir sécher plus rapidement.

Les interstices (fentes, fissures, etc.) devraient être scellés afin d'éviter que des résidus alimentaires et ou eau stagnante s'y infiltrent.
Évitez les accumulations d'eau stagnante et ce, tant à l'intérieur qu'à l'extérieur.

Les contenants à ordures doivent être nettoyés à fond au moins une fois par semaine et ce, autant à l'intérieur qu'à l'extérieur du contenant (ceci s'applique aussi aux contenants sanitaires.)

Maintenir propres : le compacteur à déchets, les contenants sanitaires et les endroits avoisinants.

Les fenêtres doivent être munies de moustiquaires à mailles fines, bien étanches.

Éviter de tenir les portes ouvertes. Si possible, installez plutôt une deuxième porte avec une moustiquaire pour aérer les lieux.
Ne négligez pas l'entretien de l'extérieur de votre établissement.

Souvenez-vous que le rôle de l'entretien ménager consiste surtout à éliminer les sites de ponte et les sources de nourriture favorables au développement des mouches. En fait, dans le cas des drosophiles par exemple, plus de 90% du contrôle de ces mouches concerne l'entretien ménager.